Почему дождевые облака (тучи) тёмные ?

Потому что тучи плотные, большая концентрация молекул воды, а вода поглощает свет.

Грозовые ячейки потому что. Поэтому они и темные. Много-много воздуха с паром поднимается вверьх, там он (пар) конденсируется в облака, становится нифига совсем уже не прозрачным и потому тёмный.
Почему молнии - это уже другой вопрос.