Проводка с генератора коротит на массу(скутер)

Генератор - это моток провода с небольшим сопротивлением,одним концом подключенный к "массе". Конечно он будет пищать при прозвонке.

Если у тебя отдельная обмотка для зажигания (это,кстати,более распространённая схема), она не должна пищать. Там сопротивление примерно 5 кОм.
А 12-вольтовая обмотка всегда должна "коротить" при прозвонке.

пищалкой генератора не прозванивают