В первой строке создаем массив и заполняем его пустыми объектами. Во второй, так понимаю, вставляем свойство null и присваеваем ему значение null. Не понятно почему это свойство со значением попадает и во второй и в третий элементы массива. Должно же быть только в первом.
let arr = new Array(3).fill(Object(null)); arr[0].null = null;
let arr = new Array(3).fill(Object(null));
arr[0].null = null;
console.log( arr ); // [ {null: null}, {null: null}, {null: null} ]