Без проблем - и в Total Commander можно, и в Notepad++ тоже.
http://wwdiz.ru/kak-sravnit-dva-fajla.htmlА можно (в Notepad++) использовать регулярные выражения. Для сортировки чатов по номерам телефонов - для каждого номера вывести все сообщения, которые ему принадлежат.