Сколько мирных граждан Эстонии, Латвии и Литвы погибло во время ВОВ? От чьих рук они страдали чаще?

Ягала. В Ягала в 1942 году был создан лагерь, комендантом которого был эстонец Александр Лаак.
Охраняли эстонцы. Начальник этого лагеря, невысокий усатый эстонец, одетый в черный китель и брюки с красными лампасами, постоянно присутствовал при этом. Он колол саблей выбегающих военнопленных, выкалывал глаза, рассекал щеки и т. д. Остальные охранники вели себя не лучше и избивали пленных чем попало и куда попало, часто без всякой причины.
Эстонцы очень плохо относились к русским. Тюрьма охранялась эстонской полицией.

Клоога. Лагерь охранялся членами резервного полка 20-й эстонской дивизии СС или служащими из 287-го эстонского полицейского батальона. Доказано, что 287-й батальон активно участвовал в сборе заключённых, охране, а отдельные полицейские даже сопровождали их к месту расстрелов. Немцы покинули лагерь в ночь на 20 сентября 1944 года. Эстонские охранники разбежались чуть позже, а некоторые из них были вскоре арестованы и предстали перед судом
Зимой 1943-1944 года в Клоога доставили вывезенных из Ленинградской области русских и ингерманландских финнов.
Ликвидация концлагеря Клоога произошла 19 сентября 1944 года. На тот момент войска Советской армии уже практически освободили территорию Эстонии от фашистов. Поздно вечером руководство лагеря отдало приказ казнить заключённых. Чтобы скрыть следы своих преступлений, трупы убиенных решили сжечь на кострах. 20 сентября охрана лагеря была снята. Его руководство бежало в Германию через порт Палдиски, а охранная команда, состоявшая из местных жителей, разошлась по домам. Чудом избежавшие казни узники несколько дней скрывались в жилом блоке концлагеря, опасаясь выходить на улицу в дневное время. Советские военные вошли в Клоога 22 сентября, в день освобождения Таллина от фашистов. Увиденное ими повергло в шок. Многие тела сгорели лишь частично. Но большинство трупов всё же удалось уничтожить, тем самым скрыв следы преступлений. Идентифицировать удалось лишь 491 заключённого. Однако, по результатам расследования удалось установить, что жертвами лагеря стали 1800-2000 человек.

В операции по освобождению города принимали участие войска Ленинградского фронта (Маршал Советского Союза Л. А. Говоров), в том числе 8-я армия (генерал-лейтенант Ф. Н. Стариков), при поддержке 13-й воздушной армии (генерал-лейтенант авиации С. Д. Рыбальченко), авиации дальнего действия (главный маршал авиации А. Е. Голованов) и сил Балтийского флота (адмирал В. Ф. Трибуц), в том числе 260-й бригады морской пехоты (генерал-майор береговой службы И. Н. Кузьмичев) и 1-й бригады торпедных катеров (капитан 1 ранга Г. Г. Олейник).