>> Один таймер ведет счет импульсов
Серьезно? А как он умудряется это делать?
Вот пример таймера на 1 секунду
http://narodstream.ru/avr-urok-10-tajmery-schetchiki-preryvaniya/Если нужна точность, использовать часовой кварц (смысл в том, что его частота - степени двойки, поэтому переполнение в число секунд / целое N)
А считать импульсы в прерываниях по фронту
http://mainloop.ru/avr-atmega/avr-external-interrupt.html
IDE Atmel studio.