Возможно-ли было в 1994-ом году снять человека с регистрационого учета.

должен был снимать хозяин.

собственник должен был написать заявление ..если долго не проживал.. дурит собственник..

Вполне, снять - не зарегистрировать. Тогда и за зэками прописка не сохранялась....

Согласие собственника нужно, когда несобственник в чужую квартиру/дом вселиться хочет. А когда он уехать хочет, то собственника это, вообще, не касается, это же не крепостное право.

Гадая о том, что вы ниписали в вопросе, предположу, что "человек" это не собственник, а "хозяин" собственник.
Письменное согласие собственника дома на снятие (выписку) другого лица не нужно.
Уведомление собственника о том, что проживавшее в его доме лицо в другое место съехало, не предусмотрено.
По-видимому имелось заявление от "человека" о том, что он выписывается в другое место, о котором собственник не знал.
Регистрация/снятие с учёта проходила по инструкции ФМС, ФЗ никакого, устанавливающего порядок снятия/постановки на учёт нет.
Данных для предъявления иска или привлечения к уголовной ответственности кого-то в вашем вопросе нет.
Если бы вы написали, что тот, кого сняли, обнаружил в заявлении подделку своей подписи, тогда другое дело.

В те года по старому кодексу можно было снять в связи с длительным отсутствием. Человека снимали с рег. учета, если он осуждался к реальному сроку лишения свободы или просто уходил в армию на 2 года. Однако за каким человеком сохранялось право проживания и по возвращению он болжен был быть прописан обратно.

если человек долго не проживал, то собственник мог написать заявление и снять этого человека с регистрационного учета.