Как обновить БД MySQL до версии 5.6...?

Для начала, проверить, какая версия MySQL стоит сейчас. Версия 5.6 появилась много тет назад и очень странно, если у тебя стоит что-то более старое. И, кстати, совсем не обязательно, что у тебя именно MySQL - это может быть и MariaDB, и Percona Server.

Для обновления сначала делаешь дамп базы данных (на всякий случай), потом устанавливаешь требуемую версию СУБД - через менеджер пакетов в твоём Linux, точно так же, как ты устанавливаешь любую другую программу. В интернете огромное кол-во ресурсов по этим темам.

А после того, как версия проверена, необходимо выполнить указанную команду.