При регистрации полета онлайн в назначенное время, почему-то все хорошие места уже заняты.

Ну и? Многие покупают места ещё с билетами

И чё?

Потому что лучшие места предлагают за отдельную плату. А передние ряды часто отводят для пассажиров с детьми.

Потому что:
1) На гибких тарифах Аэрофлот предлагает выбор места непосредственно при покупке билета.
2) Многие а/к (не помню конкретно про Аэрофлот) предлагают платную услугу выбора места при покупке билета (причём самые "вкусные" места можно выбрать ТОЛЬКО платно).
3) Резерв авиакомпании или туроператора.
4) Оставшиеся хорошие места расхватываются в первые минуты после открытия онлайн-регистрации.

да в аэрофлоте постоянно такая проблема при онлайн регистрации поэтому мой вам совет регистрируйтесь онлайн на других порталах таких как https://www.aerobil.ru/ там можно выбрать опцию Выбор места при покупке авиабилета".

Если поупаете билеты в кассе, то место можно выбрать сразу. А остальным. что достанется.